治疗肾小球肾炎的药物虽然很多，但是大多数的药物都会有不同程度的副作用。
有些副作用小，患者能够耐受，通过对症处理以后副作用可以消失。但是，有些药物的副作用比较大，可以导致脏器的功能衰竭，而且会长期存在，短时间之内难以消除。
所以，对这种出现严重副作用的药物，一定要及时的发现，并且要及时的停药，这就要求对于有严重副作用的药物要监测血药浓度，临床上常见的需要检测血液浓度的药物有他克莫司、环孢素等。否则，这些药物浓度过高，就会导致肾脏的损害。
还有一些药物可以引起肝功能转氨酶升高、引起骨髓抑制白细胞降低等等。