三叉神经痛多数是由于血管压迫、肿瘤压迫，以及病毒感染三叉神经所导致。
血管压迫所引起的三叉神经痛，又被称为特发性三叉神经痛，通常发生在三叉神经根部的位置，通过高场强的核磁共振检查，可明确看到使神经根部遭受压迫的血管，可出现动脉压迫和静脉压迫。脑肿瘤压迫也可诱发三叉神经痛，比如神经鞘瘤、脑膜瘤，还有胶质瘤。随着肿瘤逐渐增大，会使三叉神经遭受压迫，产生三叉神经痛。
此外，由于各种原因所引发的病毒感染或炎症感染，也是容易造成三叉神经痛的，其中疱疹病毒感染较为多见。患有三叉神经痛，应根据患病的原因对症治疗。