药物治疗子宫肌瘤目前临床应用广泛，但是这些药物并不会引发子宫内膜异位症。目前临床上治疗子宫肌瘤的药物有西药或者是中成药物。
西药主要是通过改变女性体内激素水平来减缓子宫肌瘤的生长速度，甚至可以减小肌瘤体积。在改变体内激素水平的同时，对于子宫内膜异位症并无明显影响。中药也是通过活血化瘀的作用来缩小瘤体。
对于已经患有子宫内膜异位症的患者，部分药物甚至可以改善内异症的病情。因此，药物治疗子宫肌瘤同时发现子宫内膜异位症，并不是药物引起的副作用，需要考虑其他因素引起的。