多数的噬血细胞综合征治好以后，不会遗留后遗症，病人可以完全治愈。但是有部分噬血细胞综合征有可能会出现治疗困难，缓解困难，还有可能会出现复发的情况，需要加强病情的监测。
噬血细胞综合征如果是由于感染所导致，及时进行抗感染治疗以后，病人可以很快地缓解。但是，如果是由于恶性肿瘤导致的噬血细胞综合征，由于原发病想要治愈相对比较困难，原发病暂时缓解以后，噬血细胞综合征的症状可以减轻，但是非常容易出现复发。
家族性的噬血细胞综合征想要彻底治愈比较困难，通常可以出现全身多个系统器官受累的情况，可以采取异基因造血干细胞移植的方式进行治疗。病人移植以后有可能会发生感染、移植物抗宿主病等。