主要的区别就是感染的病原菌不同。
小儿腹泻是所有腹泻疾病的统称，其中就包括痢疾。痢疾是一种特殊类型的腹泻，它是由痢疾杆菌引起的一种细菌性的腹泻，病情非常严重，发展进展速度快，会在短时间内出现全身感染，甚至休克，会有严重的脱水。所以一定要及时诊断，迅速治疗。
而且这种疾病是国家法定的传染性疾病，具有严重的传染性，容易造成大流行。而其他的腹泻只是单纯的感染或者非感染饮食因素造成的，一般症状比较轻，治疗及时，预后良好。