对于扁桃体发炎最有效的治疗药物是抗生素类药物，但是由于引发扁桃体炎的病原体类型不同，所选择的抗生素类药物也不尽完全相同。
扁桃体炎一般多见于细菌感染，所以治疗方面医生多建议使用头孢类、青霉素类或喹诺酮类的抗生素类药物进行消炎治疗。
如果经过检查是因为病毒感染引发的炎症，建议使用抗病毒药物和清热解毒的中成药进行治疗。如果存在支原体感染，临床多建议使用大环内酯类的抗生素类药物进行治疗，必要时患者需要先去医院检查后，在医生指导下用药较为稳妥。