在临床上颅底陷入症其测量的方法通常有三种，也就是有三条线。其主要目的是为了诊断颅底陷入症。
1，腭枕线：在颅骨侧位片上，从硬腭后缘到枕骨大孔后上缘的连线。正常情况下，枢椎齿状突应低于此线，如果超出此线3毫米，则考虑颅底陷入。
2，基底线：在颅骨侧位片上，从硬腭后缘到枕骨最低点的连线。如果枢椎齿状突超出此线7毫米，则为颅底陷入。
3，二腹肌线：在颅骨正位片上，两侧二腹肌沟之间的连线。由齿状突尖到此线的距离正常为10毫米，小于此值为颅底陷入。