首先，两者发生的部位不一样。急性会厌炎在会厌部属于喉咽部；扁桃体炎发病部位靠上面一点叫口咽部。
第二，两者引起的症状不一样。急性会厌炎表现为吞咽口水剧烈疼痛、咽堵、呼吸困难为主，病人主要的感受是吞咽口水疼痛剧烈；急性扁桃体炎的主要症状是咽痛、张口疼痛，没有憋气、呼吸困难症状。
第三，常规需要的检查不一样。急性会厌炎位置比较靠下，位置隐蔽，需要电子喉镜检查才能确诊；急性扁桃体炎位置暴露比较好，张口即能看到，很少需要专科的设备检查。
第四，治疗方法上不一样。急性会厌炎需要给予足够的抗生素吸氧，甚至激素冲击治疗；扁桃体炎需要抗生素以及中成药治疗，缓解咽部症状。