总体而言，胃平滑肌肉瘤的手术治疗效果较好，术后5年生存率可达35%～50%左右。但具体生存时间还要受到每个患者的具体情况影响，主要与术后是否有残留癌细胞、术后的病理类型、是否发生周围组织浸润等有关。
如患者手术存在残留癌细胞，或肿瘤的恶性程度高、邻近组织脏器被侵犯等情况下，即使手术治疗也非常容易复发。且肉瘤对放化疗不太敏感，患者的预后不佳，生存期也因此会受到影响。
如发生远处转移，如平滑肌肉瘤最容易转移的肝脏、肺脏等，手术意义不大，术后预后差，可随时危及生命。