矮小症是否对智力发育有影响，其实其本身是不会对智力发育产生影响，只有孩子患有某些疾病时，而这种疾病既可引起智力发育迟缓，又可影响孩子生长发育迟缓时，才会被误认为是因矮小症而对智力发育产生影响。如先天神经精神发育迟滞、颅脑损伤、颅内肿瘤患儿也可引起矮小症。
染色体异常的孩子除身材矮小外，智能也发育明显落后，比如甲状腺功能减退造成的矮小症。如果在治疗期间没有对甲状腺功能减低做相应处理，久而久之随着患儿年龄的增长，智力是会受到很严重的影响。
如果患儿是因为生长激素缺乏或是遗传因素而导致的矮小症，这种状态是不会影响智力的。