非淋菌性尿道炎会复发。
由于大多数的非淋菌性尿道炎通常为性传播所引起，如果在康复以后，患者仍然与其他的异性过多接触，就有可能会使非淋菌性尿道炎复发。有些患者在使用药物治疗过程当中，可能在相关症状消失以后就停止了用药，而致病菌可能没有彻底清除，当患者机体免疫力低下时，致病菌就有可能会繁殖，从而使非淋菌性尿道炎复发。
因此，当非淋菌性尿道炎的症状消失后，患者应当去医院进行复查。如果仍然存在致病菌，还应继续服药，直到致病菌消失为止。