不同类型的睾丸炎，用药也不相同。
如果是细菌感染所引起的睾丸炎，在进行过药敏试验以后，通常选用敏感的抗生素进行治疗，比如阿莫西林、庆大霉素、头孢地尼。主要是直接注射抗生素，抗感染效果较好，在症状减轻以后可以口服抗生素。
如果睾丸疼痛的症状比较严重，可以适当使用塞来昔布、双氯芬酸钠等抗炎镇痛药缓解。在必要时还可对局部进行精索封闭，不仅能够缓解疼痛，还能够保护睾丸的生精功能。如果是腮腺炎病毒感染所引起的睾丸炎，可通过使用干扰素进行治疗，能够避免睾丸萎缩。