附睾炎治疗效果良好。大部分附睾炎的患者通过全身及局部治疗外，均可以达到治愈的目的。而部分患者附睾炎反复发作，需要行手术治疗。
有些附睾炎导致阴囊脓肿的形成，需要行阴囊脓肿切开引流术。对于泌尿系统逆行感染导致的附睾炎，可以选择输精管结扎术。反复发作的附睾炎患者，如果没有生育需求，需要行附睾切除术。
附睾炎的实质是一种炎症，主要是应用抗生素治疗，但是其应用抗生素的时间要比其它部位的感染要长。在抗生素的选择上主要应用喹诺酮类或者头孢类的抗生素。