男性生殖器畸形属于先天性疾病，其预防还需要从备孕开始，一般是采取三级预防。
一级预防的目的是保障双方生殖细胞正常，降低生殖器畸形的发生概率，从孕前着手预防，比如选择最佳孕育年龄、孕前保健，避免不良因素刺激，需要戒酒、戒毒，以及避免相关毒性环境，遗传咨询等。
二级预防是指怀孕后，通过做孕前以及产前筛查、诊断，降低新生儿畸形发生概率。
三级是对出生后的新生儿尽早筛查，早诊断、早选择干预措施进行治疗，最大限度恢复生殖器畸形外观，维持正常功能。