如果深覆合发生在儿童时期，矫正的方法主要以阻断病因，并进行咬合调整为主。如果深覆合发生在生长发育已经完成的人群中，只能通过正牙治疗进行矫正。
深覆合分为牙型深覆合和骨型深覆合两种。牙型深覆合的矫正主要以佩戴固定矫治器为主。
骨型深覆合的矫正可根据具体情况选择不同的方法，如果骨性畸形并不是很严重，可通过正畸治疗改善，如果畸形比较严重，需要外科正畸治疗调整，如果用正畸的方法无法进行矫正，可采用修复的方法，重建咬合。