胃肠间质瘤和平滑肌瘤都是间叶源性肿瘤，病理结果都可见梭形细胞瘤样增生，显微镜下确实很难区分，需要行免疫组化检查进一步鉴别。免疫组化是对病理组织的进一步检查，与基本病理诊断形成相辅相成的作用。
在免疫组化检查时，间质瘤一般是DOG-1、CD117、CD114等阳性，而平滑肌瘤是actin和desmin等阳性，这样基本就可以鉴别出是间质瘤还是平滑肌瘤，但有时还需要做基因检测来辅助判断。考虑到间质瘤属于低度恶性肿瘤，如果是间质瘤还要确定核分裂象的数目，明确它是低危型、中危型还是高危型以判断是否追加口服格列卫以辅助抗肿瘤。
所以胃肠道间质瘤和平滑肌瘤是可以区分出来的，但通过显微镜下病理检查很难区分，需要结合免疫组化检查综合判定。