扁桃体化脓可以给予抗生素、糖皮质激素、清热解毒的药物治疗，必要时手术治疗。
扁桃体化脓大多是由于细菌感染引起，血常规化验检查往往提示白细胞升高，可以给予青霉素类头孢类的药物，通过静脉点滴输液治疗，结合糖皮质激素抗水肿抗炎治疗，口服清热解毒的中药，例如蓝芩口服液、蒲地蓝口服液，控制炎症，根治化脓性扁桃体炎。
如果扁桃体化脓反复发作，每年发作3~4次，这种情况需要做手术切除扁桃体，以达到根治的目的。