包皮过长的手术是有一定的风险的，手术需要切除多余的包皮，有可能造成保留的包皮过短，阴茎勃起疼痛，尤其是系带保留过短，阴茎勃起后呈下弯状态，影响勃起功能。
包皮手术是有创伤的，切除多余包皮的过程中必然会损伤一部分血管，一旦术中止血不彻底，术后可能持续出血或者形成血肿。同时术中可能切断一部分淋巴管，淋巴回流受阻可引起水肿。
部分存在瘢痕体质的患者，术后还可能出现切口处的巨大瘢痕，影响美观及功能，包皮手术还存在切口感染、裂开的可能性。