肺放线菌病是否会有后遗症，和肺放线菌病是否得到及时治疗有关。通常情况肺放线菌病得到及时有效的治疗，可以有效控制病情，有利于病情的恢复，并不会有后遗症。
但是，如果没有得到及时的治疗，病变会累及胸膜，出现胸膜增厚、胸腔积液，也容易引起肺间质病变，出现肺间质性炎症和肺间质纤维化。
临床上对于这种疾病的治疗，通常是使用青霉素G治疗有效。若青霉素效果不明显，可以使用磺胺类的药物，能提高疗效。一旦肺放线菌病形成脓肿，药物治疗的效果会不明显，需要手术治疗进行改善。