肛门瘙痒有口服的药物，在临床上主要使用抗过敏的药物以及抗组胺的药物。
比较常用的药物有盐酸西替利嗪、氯林他定、酮替芬，以及扑尔敏等药物，都可以起到缓解肛门瘙痒症状的功效。但是抗组胺类的药物，在使用期间容易出现短暂的嗜睡、头晕、乏力等不良的反应，要慎重性地使用。特别是从事高空作业以及精细工作的患者，尽量避免在工作期间使用。
肛门瘙痒发生之后，还要积极地寻找原因，主要进行对因、对症的治疗。如果是痔疮、肛裂等疾病引起的伴随症状，以治疗原发的疾病为主。如果是肛瘘、肛门周围脓肿等因素所引起的肛门瘙痒，需要通过手术治疗。