单纯性脊柱结核的药物治疗主要是采取规范化的抗结核化疗，常用的药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇。
另外，也可以通过肌注给予链霉素等药物进行抗结核的治疗。再有一些就是对症治疗的药物，比如服用一些护肝片，来保护肝脏功能，因为抗结核化疗的药物对肝脏损害还是比较大。这些药物要本着早期、适量、全程、联合、规范等原则来进行使用。
一般早期要进行充分的抗结核治疗，可以多种药物联合使用，比如使用三种、四种、五种。要按照抗结核化疗的要求及时地调整治疗方案，以及调整药物的使用。要定期监测肝肾功能，从而避免出现严重的肝肾损害。