导致男性尿道刺痛的病因不一样，所使用的药物也不相同。
如果男性尿道刺痛为尿道炎所引起，比如淋菌或者是非淋菌性的尿道炎，在确诊以后主要是使用抗菌药物进行治疗，比如左氧氟沙星、头孢地尼、环丙沙星等。在治疗的过程当中一定要禁止性生活、多注意休息、多饮水、多排尿，通常在2~3周能够完全治愈。
如果尿道刺痛为尿道结石所引起，在疼痛比较严重时，患者应当口服双氯芬酸钠、布洛芬等药物进行止痛处理，并且也要进行相应的排石。当结石在排出后，尿道刺痛的症状也会消失。