临床是选用CT还是选用核磁共振，主要是根据病情或CT和核磁共振的禁忌去选择，例如脑血管病，怀疑是出血性还是梗死性，首先选择的是CT检查，但是CT有它的缺点，在小脑和脑干会有骨骼和伪影的存在，进一步的明确诊断需要核磁共振检查。
如果要检查是否有骨骼方面的损伤，首选是CT检查，在费用方面CT检查的价格要比核磁共振便宜得多，能CT检查的不做核磁共振。
另一方面如果身体里有金属性物质不能做核磁共振检查，因为核磁共振有较强的磁场，临床上是做CT还是做核磁共振检查要根据患者的个体情况去决定。