腓骨肌萎缩症是一种遗传性的肢体疾病，对于这种疾病没有特效的治疗方法，只能采取对症治疗。当腓骨肌萎缩症患者出现明显肌无力，或运动障碍，可以采取手法按摩，促进肌肉血液循环，使运动和感觉障碍得到一定的改善。配合中频电或高频电治疗，刺激委缩的肌肉，使肌肉恢复一定的功能。
出现足踝部明显畸形，需要积极的佩戴矫正支具或穿矫形鞋，进行畸形矫正治疗。也可以采取针灸治疗，疏通局部的经络和气血，有一定缓解症状的作用。还需要配合口服药，例如舒筋活血汤、通络止痛汤等，都能起到治疗的效果。