女性在怀孕期间，如果发现有卵巢囊肿，这时候对胎儿是否有影响，就要根据每个女性的具体情况来判断。
比如是怀孕后导致的生理性卵巢囊肿，而且囊肿小于5厘米，没有出现囊肿的破裂或者扭转，通常对胎儿是没有任何的不良影响。在孕期都可以不做特殊的处理治疗，而在怀孕结束以后，由于体内激素水平的下降撤退，所以这类卵巢囊肿还会出现自然消失现象。
如果女性在怀孕以后，发现有卵巢巧克力囊肿，但是巧克力囊肿又比较小，不但对胎儿没有影响，反而可能会因为怀孕，导致巧克力囊肿出现萎缩，甚至是自然消失的现象。