肛裂的患者应该尽量避免行肠镜检查，但如果需要行急诊结肠镜检查时，则可以进行。
当发生肛裂后，肛门周围的神经末梢以及肛门外括约肌裸露在外，容易受到各种摩擦的刺激，从而引起肛门剧烈的疼痛。结肠镜检查时，会将连有镜头的管道通过肛门送到回盲部，从而进行结直肠的检查，在这个过程中，管道会反复刺激肛裂，使人产生剧烈的疼痛，大多数患者不能耐受而导致肠镜检查中断。
因此，若不是急诊肠镜，建议将肛裂治愈后再进行结肠镜检查，以免引起剧烈的痛苦。