任何手术治疗都是有风险的，动脉导管未闭手术也不例外。
随着现代对于先天性心脏病治疗技术的不断改进，和水平的不断提高，手术的风险大大降低，尤其对于动脉导管未闭的患者，可以通过介入封堵的措施来治愈动脉导管未闭。这样可以减少手术风险，减少对患者的创伤。
如果动脉导管手术采取的是心脏直视手术，有可能在手术过程中损伤喉返神经或者胸导管。损伤喉返神经后，会引起声音嘶哑等症状。损伤胸导管后，可能会出现乳糜胸等并发症。但是，这些情况的发生率极低。