脑积水一般是不能自愈，多数患者需要通过脑脊液分流手术进行治疗。针对病情比较轻微的患者可以选择药物治疗，临床上常用抑制脑脊液分泌的药物，比如醋氮酰胺等。
同时配合应用降低颅内压的药物，比如甘露醇、甘油果糖、速尿等，利于控制脑积水，缓解临床症状。病情比较严重的脑积水患者，应及时进行分流手术，临床主要应用腰大池腹腔分流术、侧脑室腹腔分流术。
腰大池腹腔分流术主要用于治疗交通性脑积水，侧脑室腹腔分流术主要用于治疗交通性与非交通性脑积水。此外，针对梗阻性脑积水，主要是进行第三脑室造瘘术。