子宫内膜异位症会引起不孕，子宫内膜异位症患者不孕率高达40%。
子宫内膜异位症引起不孕的原因有，盆腔微环境的改变影响精子和卵子结合及精卵的运送、免疫功能异常引起抗子宫内膜抗体增加，而破坏了子宫内膜正常代谢及生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良。
此外，子宫内膜异位症导致卵泡未破裂即发生黄素化导致排卵障碍导致不孕。子宫内膜异位症可导致盆腔黏连严重，引起卵巢、输卵管与周围组织黏连，而影响受精卵在输卵管的运输而导致不孕。子宫内膜异位症手术后一年仍不孕建议尽早行辅助生殖技术受孕。