肥厚型心肌病对心脏的损害主要有以下方面的表现：
第一，心室室壁肥厚，尤其是室间隔肥厚明显，也常常会有左室后壁的肥厚，如果室间隔和左室后壁都有肥厚的现象，往往是对称性肥厚型心肌病，如果只是以室间隔肥厚为主，往往会引起左心室流出道狭窄的现象发生，这种情况下的肥厚型心肌病往往比较严重。
第二，影响心脏的泵血，肥厚型心肌病常常会引起左心室的心腔受到限制，同时室隔肥厚明显，也会引起血液泵入主动脉减少，从而导致心脏的有效泵血减少，出现心力衰竭症状反复发作。