感染尼帕病毒在通常情况下，并不一定会造成患者出现面瘫。虽然尼帕病毒是一种新型的病毒，这种病毒会侵犯神经系统，造成神经系统一系列的后遗症状，但是这些后遗症状并不常见有面瘫的临床情况。
主要的临床合并症有病毒性的脑炎，感染尼帕病毒的人群会出现头晕、头痛、恶心、呕吐，严重时会有意识混乱、昏迷、昏睡。但是绝大部分患者经过系统、积极的治疗，病情是可以改善的。
虽然会出现神经系统的遗留症状和后遗症，但是主要以症状性的癫痫为主。有的人还会出现性格或人格的改变，也有的人会出现非常严重的后遗症，包括智力下降等。