口咽癌的发生病因不明，但是和以下几种危险因素的刺激有关：
第一，长期大量吸烟，烟草内含有致癌物质苯芘，苯芘会对口腔内的黏膜造成刺激诱发癌变。
第二，饮酒，酒精本身没有直接的致癌作用，但是酒精可以加强其它致癌物的作用，还可以促进口腔黏膜的癌变。
口咽癌的发生还和口腔内的慢性炎性刺激有关，有些人可能有残根炎，口腔残根也会对口腔黏膜造成刺激；有些患者发生口腔癌和口腔的病毒感染有关，最常见的为人乳头状病毒感染；有些患者发生口腔癌可能和遗传有一定的关系。