男性不孕检查包括生殖器、精液、内分泌检查和一般检查。
生殖器检查主要检查睾丸、附睾有无压痛，精缩静脉是否存在曲张现象以及阴茎大小及发育情况等。精液检查通常通过分析检查判断是否存在异常，主要观察精液的粘稠程度、颜色、透明程度和精液量等。内分泌检查包括甲状腺、肾上腺、垂体功能的检查，看是否存在功能减退的现象从而导致了病人不育。
一般检查主要包括身高、体重、血常规、血生化、乙肝筛查、尿常规，丙肝、艾滋、梅毒筛查，泌尿系统脏器影像学检查等，这些检查通常可以排除男性不育以及判断男性不育是由哪些原因造成。