因子宫病变而引起的习惯性流产已经比例占到习惯性流产的16%左右。
1.宫腔粘连，假如女性做人工流产数次、经常刮宫以及反复做宫腔手术之类，就很容易导致宫腔壁变薄、宫腔变形和子宫内膜受损，就会直接影响胎儿在宫内的发育，引起习惯性流产。
2.先天性子宫畸形，先天性子宫发育异常有遗传因素存在；在先天性子宫畸形中，纵隔子宫又是比较普遍的子宫发育畸形，这种类型的子宫发育不良很容易造成女性习惯性流产。
3.其它的子宫畸形，比如单角或者双角子宫以及双子宫等，都可能会引起胎儿流产的可能。