皮脂腺囊肿在临床上非常常见，皮脂腺囊肿出现后，如果不是在重要的部位，没有什么影响，可以不做任何治疗。
如果在经常触碰的部位，需要进行局部切除。局麻下进行手术切除可以尽量完整地摘除，一定不要残留囊壁，否则容易复发。
也可以用二氧化碳激光进行烧灼，二氧化碳激光治疗囊肿，操作简单、切口小、出血少，不需要缝合，复发率低。并且不会影响美观，是临床上常用的治疗皮脂腺囊肿的方法。不过这种治疗方法，主要适用于比较表浅的情况。