扁桃体肥大可能是生理性原因或病理性原因导致。
生理性原因是指扁桃体本身属于咽部内淋巴循环的一部分，容易存在个体差异，有些人本身会出现增生性的扁桃体肥大，但不会引起疼痛、咽部异物感等症状，不是因为疾病引起的不需要特殊治疗。
病理性扁桃体肥大一般都是因为炎症感染引起，例如急性扁桃体炎、慢性扁桃体炎等。急性扁桃体炎一般都是因为病毒或细菌感染引起，发病比较急，患者会有咽喉部明显的红肿、疼痛症状。慢性扁桃体炎通常都是急性扁桃体炎反复发作形成，病程比较长。