房间隔缺损可以说是一种大手术，所以存在很大的风险。
房间隔缺损手术治疗一般包括常规手术治疗，以及镶嵌手术治疗两种治疗方法。常规手术治疗需要建立体外循环，会造成心脏停跳，继而有可能会引起体外循环相应引起的全身炎症反应，造成微血栓以及缺血症状，有可能会造成术后发生心功能不全以及心律失常等并发症。
镶嵌手术治疗采取小切口，需要在手术治疗过程中放置封堵器促使分流消失。不需要建立体外循环，恢复快，但是此种封堵器移位以及脱落的风险。