任何的手术都具有一定的风险性，同样儿童先天性心脏病的手术也是有风险的，至于风险系数大还是小，跟很多因素有关系，如患儿疾病的类型、病情的发展程度、患儿年龄等。
如果患儿先天性心脏病发现的及时，疾病的结构病因不复杂，手术风险比较小，反之手术风险系数就高一些。但是，随着心脏外科整体的医学水平和技术水平的增高，在正规的三甲心脏外科手术医院，这种手术是很常见的，手术风险控制就会降低。
但先天性心病的手术还是会存在麻醉意外、窒息、心跳突然停止、药物过敏、房颤等各种意外情况。只要有可能发生，在患儿做手术之前主治医生都会跟患儿家长详细说明的。