因为新生儿各个系统的功能没有发育好，免疫系统发育得不健全，容易患呼吸道、消化道疾病。对于人工喂养的孩子，奶粉中没有相应的抗体，更容易患消化不良或者呼吸道感染。
孩子免疫力低，容易通过破损的皮肤黏膜形成败血症，所以新生儿如果护理不当可以导致脐炎、败血症。新生儿期黄疸胆红素脑病，黄疸中最严重的一种。
针对新生儿的生理特点，肠道的菌群平衡没有建立，如果这期间用抗生素，还可能出现新生儿出血症，补充维生素K以后症状明显减轻。严格新生儿的用药标准，尽量减少用药。