(一)发病原因肺真菌病的感染途径有三：①内源性：如放线菌及念珠菌存在于正常人口腔及上呼吸道内，如口腔卫生差，机体抵抗力低，能侵入肺部引起感染;②外源性：吸入带有真菌孢子的粉尘而感染，如卡氏菌病，曲霉菌病和隐球菌病;③继发性：在体内其他部位的真菌病经血行或淋巴系统播散至肺部，膈下的病变也可直接蔓延至肺部，如放线菌病。
(二)发病机制真菌广泛存在于大自然中，孢子随尘土飞扬，易吸入呼吸道，呼吸道正常时也有真菌存在，所以取痰或分泌物做涂片或培养，查到的真菌未必是致病菌，病人在同时或先后常夹杂细菌病毒等感染，临床表现复杂，易误诊或漏诊，实际工作中常是根据具有“机会感染”因素：长期大量使用广谱抗生素，免疫抑制剂，抗癌药等，在其他诊断不能完全说明病人的情况时才想到真菌感染，真菌侵入肺后产生炎症改变，基本病理变化是凝固性坏死，细胞浸润和化脓，慢性感染，有肺纤维化或肉芽肿形成。