肩胛骨背部疼痛，多数情况下可能是长期保持一个姿势，如长时间对着电脑手机，长时间伏案工作，或枕头过高、太软、长时间弯腰、趴着睡觉等，会导致颈部、肩部和肩胛骨肌肉痉挛、充血水肿，形成无菌性炎症，导致前列腺素分泌而出现疼痛。
另外可能是外伤引起的，所以需要积极去医院完善检查，包括X光检查和CT检查。如果有手术指征，就需要积极治疗。如果没有手术指征，最好消炎镇痛，同时多休息。
肩胛背疼痛还需要排除颈椎病可能性。颈椎病压迫神经根，对颈、肩、上肢产生放射痛和电击样疼痛，也会引起肩胛骨神经样疼痛。