感冒眼睛疼、头疼可能是病毒或细菌感染，毒素刺激血管神经引起的。
感冒多数是病毒感染所致，而且病毒感染发病很快，通常表现为急性上呼吸道感染的症状，如鼻塞、流鼻涕、打喷嚏等，可以刺激眼结膜引起眼睛疼、眼发红等症状。病毒很快在体内繁殖并且产生大量毒素，可以通过血液刺激体温调节中枢，使体温升高引起发烧、头疼、头晕、四肢乏力等症状。
所以，感冒后应该及时给予抗病毒、抗感冒的药物治疗，并且要多喝水，注意休息，保证充足的睡眠以促进感冒恢复。