常用的抗真菌药按照作用部位可以分为治疗浅表真菌感染的药物，这些药物有十一烯酸、醋酸、乳酸、水杨酸、灰黄霉素、克霉唑、益康唑、联苯苄唑、酮康唑等等，抗深部真菌感染药物有氟胞嘧啶、两性霉素b、制霉菌素、球红霉素、氟康唑、伊曲康唑等等。
按照结构主要为有机酸类、多烯类、氮唑类、烯丙胺类等等，真菌感染是一种很顽固的疾病，复发率非常高，有些疾病停药一段时间后又会重新出现症状，然后又必须用药，也有的时候是气候环境导致的，比如湿热潮湿的环境，这种天气有助于真菌的繁殖和扩散，使真菌又卷土重来，所以治疗真菌感染还要坚持，保持感染部位的干燥也很重要。