肾囊肿的常见危害，是囊肿对肾脏压迫，影响肾脏的滤过代谢功能，导致代谢产物积聚，水电解质代谢失调。
另一常见危害是囊肿压迫，导致排尿管道梗阻发生肾积水，未及时解除梗阻可导致泌尿系感染，危害肾脏功能。剧烈运动或者不慎外力刺激，导致肾囊肿破裂可导致急性出血，导致明显肉眼血尿。未及时治疗处理，可导致失血性休克危及生命。
肾囊肿可伴随囊内感染，可导致明显腰痛、发热等全身感染症状，需要结合肾脏超声检查，大于5cm的肾囊肿，可考虑手术方式切除处理。