慢性肾衰竭会导致患者肾脏萎缩。
导致慢性肾衰竭的原发疾病各有不同，比如慢性肾小球肾炎、慢性小管间质性肾炎、狼疮性肾炎、高血压肾病等，这些疾病长期如果没有得到控制，最终导致患者出现肾衰竭、肾脏萎缩。
有些疾病是先出现肾小球硬化，再出现小管萎缩；有些疾病是先肾小管萎缩，再出现肾小球硬化，最终所有肾小球硬化、肾小管萎缩、间质纤维化导致双侧肾脏体积缩小，称为肾萎缩。
一旦出现肾萎缩以后，肾脏皮质变薄，肾脏皮质与髓质分界就变得不清楚。