当肠瘘的保守治疗效果不理想时，可以行手术治疗，一般都可以治愈。
当肠瘘发生后，专科医师会让患者行腹部CT、血常规以及生化等辅助检查，明确肠瘘发生的部位以及严重程度，并结合患者的临床症状，制定相应的治疗方案。肠瘘局限、临床症状较轻者，可以行补液、抗感染以及抑制肠道分泌等保守治疗措施，而症状严重者直接行手术治疗。
由于患者的基础疾病以及体质等的差异，加上后期可能会出现的病情变化，部分保守治疗的肠瘘患者治疗效果不理想，可改为手术治疗，多数患者可通过手术而痊愈。