感染衣原体的症状，主要是依据感染部位决定。
如果衣原体感染的是眼睛部位，可能会出现眼球分泌物增多、眼睛部位出现灼热，个别人会出现眼睛部位的瘙痒感觉。
如果衣原体感染的是尿道部位，可以出现轻度的排尿疼痛，可能会有尿道管灼热的现象。个别人群清晨起来会出现尿道口的堵塞症状，称为糊口现象。
如果衣原体感染的是阴道部位，可能会导致女性阴道分泌物异常、阴道分泌物增多，个别人群会有阴道瘙痒的现象出现。
建议一旦发现衣原体阳性，及时选择敏感药物进行对症治疗。