肺动脉高压的原因有很多种，临床主要见于低氧性肺动脉高压，尤其是慢阻肺所致的肺动脉高压，原因有两点。
第一、肺血管血管阻力增加的功能性因素，缺氧、高碳酸血症和呼吸性酸中毒，使肺血管收缩痉挛，其中缺氧是肺动脉高压形成最重要的因素。缺氧能使平滑肌细胞膜对钙离子的通透性增加，从而导致肌肉兴奋收缩耦联效应增强，直接是肺血管平滑肌收缩，从而导致肺动脉压增高。
第二、肺血管阻力增加的解剖学因素，例如长期反复发作的慢阻肺，以及周围血管炎，可以累积肺小动脉、管壁增厚、管腔狭窄纤维化，从而使肺血管阻力增加，产生肺动脉高压。肺气肿也导致肺泡内压增高，造成肺循环阻力增大，从而导致肺动脉压增高。