宝宝醒来时咳嗽可能是早上温度低，起床活动后呼吸频率增加相对较快，吸入冷空气时容易刺激气管，进而引起咳嗽表现。
也可能是孩子得了支气管炎导致气管里痰多，孩子睡觉时一般保持在相对平静的状态。起床后体力活动增加促使气管积痰流动，并刺激气管容易引起咳嗽。
另外，也可能是孩子有慢性鼻炎，导致鼻腔长期有分泌物，仰卧睡觉时容易使鼻腔分泌物流入喉咙，在喉咙里堆积，醒来后由于喉咙里的痰受到刺激会出现咳嗽的现象。