寻常疣和尖锐湿疣的区别在于好发的部位、皮肤表面的形态不同。
寻常疣和尖锐湿疣，都是由人乳头瘤病毒感染导致，只不过感染的病毒型号不同。在发病部位角度考虑，寻常疣好发在手掌、手臂等部位，一般不会出现在生殖器部位；而尖锐湿疣好发在生殖器、肛门等部位，个别人会出现在乳头以及口腔内部。
而从皮肤表面的形态考虑，寻常疣主要以一些角化性的突起性的丘疹为主，这种角化性的丘疹表面可以见到一些黑色的小点，为坏死的毛细血管所形成；而尖锐湿疣则是凸起于皮肤的颗粒样、菜花样改变，用手触摸并不会感到非常坚硬，稍微用力容易引发出血现象。